Отдел по взаимодействию с медицинскими учреждениями осуществляет координацию пастырского служения в лечебных учреждениях на территории Самарской епархии.

Основной задачей Отдела является организация духовной поддержки пациентов, их родственников и медицинских работников, а также развитие сотрудничества епархии с государственными и частными учреждениями здравоохранения. Священнослужители посещают больницы, госпитали, родильные дома, хосписы и иные медицинские организации, совершают Таинства Исповеди, Причащения, Крещения, Соборования, проводят индивидуальные беседы и оказывают духовную помощь людям, находящимся в состоянии болезни и жизненных испытаний.

Отдел содействует созданию молитвенных комнат при медицинских учреждениях, участвует в реализации просветительских инициатив, направленных на укрепление ценности человеческой жизни, традиционных семейных ориентиров и нравственной ответственности в сфере медицины. Особое внимание уделяется взаимодействию с медицинским персоналом, поддержке профессионального служения врачей и среднего медицинского состава, а также участию в мероприятиях, посвященных памятным и профессиональным датам.